Le fjord du Saguenay s'enfonce de 105 kilomètres à l'intérieur des terres depuis le fleuve Saint-Laurent, ses parois s'élevant à 300 mètres au-dessus d'une eau qui plonge jusqu'à 275 mètres à son point le plus profond. Creusé par l'érosion glaciaire lors de la dernière ère glaciaire, c'est le fjord le plus au sud de l'hémisphère nord et le seul véritable fjord en Amérique du Nord à l'est des Rocheuses. Jacques Cartier en a noté l'ampleur en 1535, mais les Innus naviguaient dans ses corridors d'eau froide depuis des millénaires avant le contact avec les Européens, suivant les migrations saisonnières des bélugas qui définissent encore l'écosystème. Aujourd'hui, le parc marin du Saguenay-Saint-Laurent protège 1 245 kilomètres carrés de ce confluent, où l'eau douce drainée par le Bouclier canadien rencontre la poussée saline de l'Atlantique. Le gradient de température et la remontée des nutriments créent l'un des estuaires les plus productifs au monde. Quatre espèces de baleines — béluga, petit rorqual, rorqual commun et rorqual bleu — s'y nourrissent entre mai et octobre. Les bélugas y restent toute l'année, leurs dos fantomatiques perçant la surface près de Tadoussac et de Baie-Sainte-Catherine. Les phoques communs se hissent sur les rochers à marée basse ; les phoques gris patrouillent dans les chenaux plus profonds. Les faucons pèlerins nichent sur les falaises verticales du cap Trinité, qui était autrefois un lieu de pèlerinage marqué par une statue en bois de la Vierge de neuf mètres, installée en 1881 et toujours visible depuis l'eau. Les circuits de croisière sur le fjord du Saguenay au départ de Québec partent généralement du bassin inférieur ou se connectent par transfert en autocar aux points d'embarquement à Tadoussac ou Rivière-Éternité, où le centre d'accueil du parc national ancre les programmes d'interprétation. Les opérateurs de zodiacs organisent des sorties d'observation des baleines dans la zone centrale du parc marin, en suivant les directives fédérales d'approche qui limitent la vitesse des moteurs et la proximité. Les navires plus grands parcourent toute la longueur du fjord jusqu'à Chicoutimi, passant devant les villages fantômes submergés par la régulation hydroélectrique et les quais industriels qui expédiaient autrefois l'aluminium d'Alcan vers la voie maritime du Saint-Laurent. L'eau froide et profonde du fjord retarde la croissance des algues et préserve les épaves en bois dans un état quasi parfait ; les plongeurs signalent une visibilité supérieure à 15 mètres à la fin de l'été. Les droits d'entrée dans le parc financent des stations de recherche qui suivent les taux de mise bas des bélugas et surveillent l'acoustique sous-marine, car le bruit des navires perturbe l'écholocalisation. Le Service canadien de la faune tient à jour une carte des observations de baleines en temps réel, mise à jour par les voyagistes conformément aux protocoles de protection des mammifères marins établis en 2002 et renforcés en 2018 pour refléter le déclin des populations de bélugas.